企業年度間的研發支出，若要申請租稅抵減，可以選擇依《產業創新條例》或《中小企業發展條例》二條路徑去申請，最高可抵減當年度30％營所稅額，不過須注意抵減模式、適用條款僅能擇一適用，適用後就不能變更。

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其次，在抵減模式方面，企業又可以選擇二種模式。官員表示，第一種模式按照研究發展支出金額15%，直接抵減當年度應納營所稅額，支出抵減比率較高；第二種模式則是依支出金額10%，連續三年抵減各年度應納營所稅額。

官員表示，二種模式各有優缺點，企業可依照自身年度應納稅額，選擇要適用的抵減方式，但是要注意二種模式只能擇一適用，一旦擇定後，往後年度就不能反悔。

官員表示，《產業創新條例》與《中小企業發展條例》給予的研發支出抵減一致，坊間企業在評估申請時，主要會考量對於產品、技術、勞務、服務流程的創新門檻，產創條例要求「高度創新」；反觀中小企業條例，僅訴求「一定創新程度」，因此若能適用中小企業條例，通常企業會優先爭取。

依據《中小企業認定標準》規定，製造業、營造業、礦業及土石採取業等，實收資本額須在新台幣8,000萬元以下，或經常僱用員工數未滿200人；其他產業方面，前一年營業額須在新台幣1億元以下，或經常僱用員工數未滿100人。滿足以上條件之一，才能依中小企業發展條件申請研發支出抵減。