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財政部關務署官員表示，一箱內有50條，一條有10包，一包菸稅是51.8元，加上關稅等等，一包菸的稅捐約70元。通常船出港申請帶走的免稅菸都申請到滿額。而出港船隻20人以下的中小型船隻占七成，過去一律和大船一樣給15箱的免稅額度，以後減了。

減了免稅菸，對船員利益影響多少？假設是船員20人的中型船，以後每月少核五箱，5箱×50條×10包×70元＝17.5萬元，等於少了17.5萬元的免稅利益，平均每位船員少了8,750元免稅利益。

小船免稅利益損失就更大了，假設船員是十人的小型船，以後每月少核十箱，10箱×50條×10包×70元＝35萬元，等於少了35萬元的免稅利益，平均每位船員少了3.5萬元免稅利益。

關務署官員表示，日本每月核給船員平均每人3包的免稅菸額度，而我國以中型船20人算，過去核給12.5包，太過寬鬆了。即便減核五箱，平均每人每月核給8.3包，也遠超過日本核給的量。

財政部不認為核減船員免稅菸額度和華航私菸案有關，而是為船員健康著想。但官員承認，的確有船員把免稅菸透過管道銷至國內。