總部設於台灣的跨國企業，有義務申報全球海外所得，南區國稅局表示，企業申報海外所得有三大注意事項，包括海外所得認定方式、海外已納稅額抵繳上限，以及在租稅協定國溢繳稅款，不能回台抵稅等限制。
官員表示，隨著全球經濟發展，國內企業經常獲得海外所得，依照《所得稅法》第3條規定，總機構在中華民國境內者，應就境內外全部營利事業所得，合併課徵營所稅，但為避免重複課稅，海外所得若已依所得來源國規定繳納所得稅，可回台申報扣抵營所稅應納稅額。
官員表示，很多企業常因海外所得計算錯誤，而發生短漏報稅款，或是多繳冤枉稅等情況，申報海外所得額時，首先要注意的是所得認定方式，不是所有海外收入都要課稅，可以先計算該筆收入的相關成本，減除成本費用後的所得額才要課稅。
其次，在台灣能夠抵繳的額度也有上限，官員表示，各國稅法及所得稅率不一，有些企業海外所得可能已在來源國繳過一大筆稅，但回到台灣申報時，並非在海外納繳的全額所得稅都可扣抵，扣抵上限最不能超過依國內適用稅率計算的應納稅額。
第三項重點則涉及海外租稅協定，這點官員直接舉例，假設某甲公司於去年度取得泰國公司給付的權利金收入1,000萬元，給付時已在境外扣繳150萬元，但因為台灣與泰國之間有簽署租稅協定，權利金的稅率其實只要10%，因此甲公司在報營所稅時，只能列報扣抵海外已納稅額100萬元（1,000萬元×10%）。
官員表示，台商在海外交易時，常會忽略對方國家已和台灣簽訂所得稅協定，適用稅率優於一般交易，如果在當地有多繳到稅，可以向當地政府申請退稅，包括越南、印尼、馬來西亞、泰國、日本、德國、荷蘭、英國、比利時等，都是台商經常往來的海外租稅協定國。
依據財政部資料，台灣目前總共和33個國家簽署全面租稅協定，其中32個已經生效，適用於今年營所稅申報案件，而台灣－捷克租稅協定預定從明年開始生效。
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