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跨國台商申報營所稅時，尤其涉及大陸來源所得，須留意三大重點：如果同一筆資金已經在大陸繳過稅，可持完稅證明回台扣抵營所稅；回台申報扣抵的稅額，必須來自同一年度；若想回台抵稅，須留意近幾年營所稅率有變化，將影響可扣抵稅額。

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北區國稅局表示，依據兩岸人民關係條例，就像其他海外所得一樣，法人、團體或其他機構取得大陸來源所得，可以將在大陸已經繳納的所得稅，提出抵減台灣的營所稅。

台商通常透過第三地轉投資大陸公司，所以台灣這邊最常收到的款項，是資金從大陸匯出時，會扣取的10%扣繳稅款。

但是抵稅時由於雙方課稅依據不同，常有台商申報時算錯可抵減的額度。

以北區最近查獲的甲公司為例，官員指出，甲公司申報2017年度營所稅時，運用海外轉投資大陸獲利，因此海外子公司將當年3,400萬元投資收益分配回甲公司，並出示好幾張完稅證明，回台申報扣抵營所稅578萬元（3,400萬元*當年度營所稅率17%）。

但是國稅局發現，針對這筆股利收入匯出，大陸其實只課10%扣繳稅，也就是3,400萬元投資收益，在大陸繳納的所得稅其實才340萬元，甲公司計算稅務時，只想到可抵減的總額上限，卻忘記這筆錢在大陸並沒繳那麼多稅，遭到剔除補稅。

甲公司還犯了一個錯誤，為了湊齊578萬元完稅證明，因而拿其他年度的納稅證明來抵減，但國稅局只認當年度的完稅證明。

也要留意營所稅稅率因營收增加而提升，同筆資金可扣抵上限也會增至20%。