企業與關係人企業之間的受控交易，經常被國稅局列為查稅重點，台北國稅局表示，若企業高度仰賴另一家企業的智慧財產、原料，或相關交易金額占營收比重五成以上，即便雙方沒有從屬關係，很有可能會成為移轉訂價查核對象，業者應向國稅局證明交易並未受控，以免遭調整補稅。

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台北國稅局表示，企業申報營所稅時，如果年度間有從事受控交易，應按《營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則》第21條規定，依規定格式揭露關係企業或關係人資料、從屬或控制關係及持股比例結構圖，以及彼此間交易資料，並備妥移轉訂價報告。

官員表示，不過有幾種特殊狀況與關係人交易類似，但企業可以提出證明，主張交易符合常規，不必向國稅局提供移轉訂價報告。

官員指出，第一種情況是企業高度仰賴另一家企業提供專利權、商標權、著作權、專門技術等，相關經營活動的產值達同年度經營活動總產值50%以上；第二種情況企業的購置的原物料來自另一家特定企業，且交易金額達企業進貨總金額50%以上；第三種則是企業銷售商品給特定另一家企業，且該商品銷售收入達企業同年度銷售收入總額50%以上。

官員表示，這三類情形依法都會視為受控交易，可能會有跨國避稅風險，不過也可能是因為特殊市場或經濟因素而造成。因此查核準則也規定，企業可以在申報年度營所稅之前，提示的雙方股東名冊、董監事名單、公司登記等文件給國稅局，證明交易雙方沒有從屬或受控情形，以免未來遭移轉訂價查核。官員表示，只要不存在其他實質控制或從屬關係，依照財政部過去函釋，也可以排除適用移轉訂價查核準則。